肛周脓肿的手术费，依据所收治的医院级别而有所不同，一般是3000-6000元左右，同时依据脓肿的位置、深浅、复杂程度而有所调整。
小范围、局限性好的皮下脓肿，在切开引流术后可以及早出院，住院费用3000元左右。如果患者在入院时伴有其它基础疾病，比如糖尿病、高血压、心脏病等，需要先控制血糖，治疗并发症，控制血压在安全范围内，心脏病有无心衰等，是否安装心脏起搏器等，这就延长了住院时间，增加了住院费用。
如果肛周脓肿较为复杂，需要分期进行手术，也增加了手术费用。