孕酮低不一定是黄体功能不全，孕酮低的原因有很多，常见的如下：
1.黄体功能不全会引起孕酮低。妊娠早期孕酮主要依靠妊娠黄体生成，黄体功能不全无法分泌足够的孕酮。
2.胎盘发育不良。孕中期后孕酮生成的主要器官变成了胎盘，正常的胎盘可以利用母体血清中的原材料，合成足够的孕酮。
3.孕酮的分泌受到下丘脑、垂体、卵巢轴的调节，垂体分泌黄提生成素和促卵泡素，这两种激素可以调节黄体的发育成熟过程，垂体功能不良也会导致孕酮降低。同时，卵巢分泌雌激素不足，孕酮的水平也会偏低。
4.子宫内膜对黄体不敏感。