血栓闭塞性脉管炎的血管内是有血栓的。
因为血栓闭塞性脉管炎主要累及的是中、小动静脉。动脉系统会出现动脉管壁的增厚严重，炎症因子大量地聚集，内膜的增生，中膜平滑肌的增殖，外膜积滞向内膜迁移就会引起动脉管腔出现狭窄。
在狭窄的基础上，由于血管的严重反应就会在局部形成血栓。这种血栓对于药物的反应比较弱，通过抗凝药物、溶栓药物并不能够完全地消除血栓。而且引起血栓闭塞性脉管炎的因素是持续存在的，即使是血栓被清除，也会在短时间内再次局部形成血栓。