反流性肾病治疗的主要目的是制止尿以反流和控制反复发作的感染，防止肾功能进一步损害。
反流性肾病的治疗分为内科治疗和外科治疗。
通常内科治疗，主要是要注意个人卫生，要增强体质、要多饮水、勤排尿、定期排空膀胱，最重要的是长时间的、低剂量的抗生素治疗，也就是每天睡前排尿以后，口服一次单剂量的抗生素，这样对预防尿路感染十分有效。同时针对反流性肾病的血压要予以足够的重视，要严格的控制血压，因为血压也是导致患者肾功能恶化的一个非常重要的因素。
在外科治疗方面，主要是针对内科保守治疗反流依然存在，或者持续进行性肾功能减退的，可以采取外科手术治疗。