阴道是由副中肾管和泌尿生殖窦发育而来的，在胚胎第六周在中肾管的外侧体腔上皮向外壁中胚叶凹陷呈钩，形成副中肾管，双侧的副中肾管融合形成子宫和部分的阴道。
在胚胎6-7周原始泄殖腔被尿直肠隔分隔为泌尿生殖窦。在胚胎第九周双侧的副中肾管下段融合，期间的重型间隔消失，形成子宫和阴道馆。泌尿生殖窦上上端的细胞增生，形成实质性的豆阴道球，并进一步增殖形成阴道板。从胚胎11周开始，阴道板开始腔化，形成阴道，因此副中肾管的形成和融合过程异常，以及其他的刺激因素都可以导致阴道的发育异常。阴道斜隔是由于副中肾管的融合异常。副中肾管的融合异常又分为垂直融合异常和侧面融合异常，垂直融合异常表现为阴道增殖，侧面融合异常表现为阴道纵隔和阴道斜格增殖。