肾积水早期患者一般无症状，后来出现腹部包块和腰部胀感等症状时才到医院就诊。这个时候疼痛一般较轻，甚至完全无痛。
但是如果合并输尿管结石、输尿管狭窄等疾病时疼痛加重，且可能伴有发热、恶心、呕吐、腹胀、尿少等。肾积水并发感染时，还会出现寒战、发热、神志障碍以及胃肠功能紊乱等症状，这个时候尿常规显示尿白细胞增加。
但是如果合并输尿管结石、输尿管肿瘤等疾病导致输尿管闭锁时，炎性渗出物不能经尿排出，此时尿内可以无白细胞。如果巨大肾积水则可能引起破裂和出血，此时会出现包括腰腹部疼痛、压痛和全身症状。