治疗拉肚子的药物比较多，有抗炎药物、胃肠黏膜保护药物以及调节肠道菌群功能的药物，同时也需要使用口服的补液盐，或者通过输液治疗的方式补充电解质以及维生素。
比较常用的有蒙脱石散、双歧杆菌胶囊、乳酸杆菌、枯草二联杆菌、盐酸洛派丁胺、黄连素片、诺氟沙星胶囊、口服补液盐等。也可以选择各种中成药制剂，比如肠康片、肠炎宁颗粒等。
在使用药物治疗腹泻症状的同时，也需要调整患者的饮食结构，避免吃雪糕、冰淇淋等食物。