卵巢囊肿一般是通过盆腔彩超检查确诊的。一般小的卵巢囊肿没有症状，需要通过盆腔彩超检查确诊。大的卵巢囊肿可引起腹胀、尿频、便秘等症状，有时候用手可以摸到肿块。
盆腔彩超可以看清卵巢囊肿的大小，囊内有无乳头等。磁共振检查可较好判断肿块性质及其与周围器官的关系。此外，血清肿瘤标志物有助于判断卵巢囊肿的性质，血清CA125联合血清HE4有助于判断肿瘤的良恶性。
腹腔镜检查可直接观察肿块外观和盆腔、腹腔及横膈等部位，还可以对卵巢囊肿进行治疗。