早晨醒来胃不舒服应找出病因针对病因进行治疗。
首先当既往有慢性胃炎的病史的时候，患者会出现胃不舒服的症状，可口服抑酸剂、保护胃黏膜的药物对症治疗。早晨起来胃不舒服也有可能是着凉、感冒所引起的，发病后主要以口服抗感冒的药物，如清开灵、感冒灵等。
早晨起来胃不舒服也有可能是胃部恶性肿瘤所引起的，发病后主要通过胃镜检查明确诊断，确诊后主要通过手术治疗。如果患者长期出现晨起胃不舒服，应及时到医院消化内科门诊就诊明确诊断，并给予积极治疗，以免贻误病情。