小便后龟头疼痛，多数是由于尿道口黏膜溃疡引起的，和尿道口炎症、龟头炎症有关。
因为这些炎症会刺激尿道口黏膜，会使尿道口黏膜瘙痒、肿胀，从而导致尿道口溃疡、疼痛。另外，小便后龟头疼痛还和龟头外伤，导致龟头尿道口淤血、压迫尿道口神经有关。
其次，尿道炎、尿道囊肿人群，会出现尿道平滑肌痉挛、龟头海绵体肿胀症状，这时小便后也会出现龟头疼痛症状。建议做尿道口和尿道龟头超声检查，包括尿常规检查，明确具体病因。