目前临床上对于手足口病的治疗没有特效的抗病毒药物和特异性的治疗手段，可以服用抗病毒口服液、抗病毒滴丸、蓝芩口服液、健儿清解液等。
如果手足口病无并发症，一般预后较好，一周左右能够得到治愈。对于急性期重症手足口病的患者，一般可发生脑炎、脑干脑炎、脊髓炎、肺水肿等。建议及时控制颅内高压，可以积极给予甘露醇药物治疗，必要时应用呋塞米等利尿药物治疗。也可以应用糖皮质激素，例如甲泼尼龙和氢化可地松等，并根据宝宝的情况注射免疫球蛋白。
对于手足口病主要的治疗原则包括降温，防止高热惊厥，做好口腔及皮肤护理以及支持治疗。一旦发生高热，可以在医生的指导下使用水合氯醛灌肠抗惊厥。