Fanconi综合征的治疗包括两个方面：
一、对原发疾病的治疗：导致Fanconi综合征的原发疾病分为原发性和继发性。原发性原因是遗传性的疾病，遗传疾病以控制饮食为主，减少体内代谢性的有毒产物的堆积，减轻毒物对肾小管的损伤。比如胱氨酸储积症要以低胱氨酸饮食为主，中毒导致的Fanconi综合征要以促进毒物排泄为主。
二、对症治疗：要注意纠正酸中毒，定期检测体内的酸碱平衡，必要时给予补碱治疗，同时要注意监测电解质的变化，避免电解质紊乱，还有注意预防低血容量和低磷血症。