骨髓增生异常综合征的患者，通常可以出现大细胞性贫血，需要和巨幼细胞性贫血进行鉴别。
巨幼细胞性贫血有叶酸、维生素B12缺乏，可以通过实验室检查确诊，通过补充叶酸、维生素B12，贫血可以很快得到纠正。
骨髓增生异常综合征的患者，有的时候还需要和阵发性睡眠性血红蛋白尿进行鉴别，阵发性睡眠性血红蛋白尿的患者可以出现全血细胞减少，可以有CD55/CD59表达异常，酸化溶血实验可以呈现阳性。
有的时候骨髓增生异常综合征，还需要和再生障碍性贫血进行鉴别，再生障碍性贫血的患者可以出现骨髓增生低下，而骨髓增生异常综合征的患者主要是以病态造血为主。