并非所有的胰腺囊肿都需要手术治疗。有报道称假性囊肿的自然消退率在50%以上。诊断假性囊肿后，应进行4到6周的观察，如果无消退，再考虑手术治疗。此外，在观察期间假性囊肿的囊壁可逐渐成熟，从而提高了手术的安全性。
囊肿感染是最常见的并发症。其次为囊肿出血、破裂及肠梗阻、胆管炎等等。因并发症而行急诊手术的病人，其囊肿的复发率、术后并发症发生率及病死率较择期手术的患者均明显增高。所以一般认为假性囊肿直径大于6厘米，观察六周以上仍未见吸收的患者，应及时进行手术治疗。