中医认为，慢性细菌性痢疾是正虚邪链所致，余邪滞留肠胃导致出现脾肾阳虚。中医治疗时应当辨别邪正的盛衰，在补脾或者补肾的中药汤剂中加入清热利湿药或者涩肠的中药，用以扶正祛邪。
以脾虚为主者，选用参苓白术散加减，以肾虚为主者选用四神丸加减，寒重者加入附子理中汤，有热像者加入白头翁汤。阴阳两虚者具体治法温补脾肾、扶正止痢具体方药可以选择理中汤和黄连阿胶汤加减。
通过以上的介绍我们了解了如何运用中医治疗慢性菌痢，在用中药治疗慢性菌痢的同时可以选择穴位的按摩、针灸等辅助治疗疗效会更加显著。中医治病讲究的是根据寒热虚实辨证论治不可私自盲目用药。