颅骨骨瘤和脂肪瘤的区别在于发生的部位不同，引起的症状和治疗的手段不同。
第一，颅骨骨瘤可发生于颅骨表面外生长或发生于颅底向颅内生长，而头颅脂肪瘤则仅发生于颅外头皮下。
第二，头颅脂肪瘤较小时无明显症状，随着脂肪瘤进一步增大，对局部组织会产生压迫症状，颅骨骨瘤位于颅骨表面时仅仅会影响容貌，而颅底部位骨瘤增大后，可能引起鼻旁窦阻塞和颅内压的增高。
第三，脂肪瘤治疗以进一步观察或手术治疗为主，而颅骨骨瘤也可以保守治疗或手术治疗。手术治疗包括磨平骨瘤、完整切除骨瘤处颅骨并行一期颅骨缺损修补术。