脊灰灭活疫苗的不良反应包括轻微的局部红斑、硬结和触痛，碰到会痛。除此之外，医学界目前没有证实其他不良反应。
另外，脊灰灭活疫苗比口服脊灰活疫苗更安全。因为口服脊灰活疫苗有罕见但一出现就很严重的不良反应，称为疫苗相关麻痹型脊灰，而这个不良反应接种脊灰灭活疫苗不会出现。
根据世界卫生组织2014年的文件显示，灭活脊灰疫苗无论是单独使用，还是与口服脊灰活疫苗联合使用， 都是常规免疫接种中最安全的疫苗之一，以上结果在发达国家和发展中国家都得到证实。