甲流和乙流主要的区别在于感染的致病菌是不太相同的，甲流和乙流都是属于流感，都是由于流感病毒导致的。但是甲流是由于甲型流感病毒感染引起来的，而乙流是由于乙型流感病毒感染导致的。
甲流和引流的鉴别是需要通过核酸检测的，单纯从临床症状上是难以区分开的。因为这两种疾病的临床表现基本上是相同的，都可以出现高热、头痛、肌肉酸痛的症状，也都可以出现流鼻涕、打喷嚏、咽痛、咳嗽等呼吸道的症状。在临床上甲流的发病率相对于乙流是更多的。
甲流和乙流的治疗也是一样的，都是需要对症的治疗以及应用神经氨酸酶抑制剂，进行抗病毒的治疗。