吃蜈蚣会有寄生虫。目前在蜈蚣体内检测到广州管圆线虫，这是属于食源性寄生虫，被称为鼠肺线虫。
这种寄生虫主要出现在蜗牛和其他软体动物体内，感染这种寄生虫症状轻微可能并无大碍，寄生虫会自行消失。但在某些情况下，大量寄生虫会穿透大脑和脊髓，引起脑膜炎，大脑周围的液体出现感染，在个别案例中，感染这种寄生虫会造成瘫痪和死亡。
所以虽然蜈蚣的药用价值是比较高的，但也容易出现中毒的症状，比如吃蜈蚣中毒后出现恶心、腹部疼痛。