一般肾囊肿直径在5厘米以上，就要虑做手术治疗，也有部分患者的肾囊肿直径超过了5厘米，但是患者却没有任何症状，这时不一定需要马上做手术，只需要定期复查肾脏彩超就可以了，一般来说半年左右复查一次，以便及时的观察囊肿的大小及变化。
对于单纯性肾囊肿，可行经皮肾穿刺抽液，硬化剂固定，但是这种操作的缺点是容易复发。
另外可选择囊肿去顶减压手术，这种也是一种微创手术，目前是肾囊肿最常见的手术方式之一，可以将肾脏表面的囊肿壁切除掉，因此，与经皮肾穿刺抽液硬化治疗相比，它的复发率更低。