克罗恩病引起的肛瘘，可以应用抗感染的药物治疗。
克罗恩病属于炎症性的肠病，其形成的原因与肠道反复的炎症刺激有关，而形成肛瘘是克罗恩病的并发症之一。
一旦形成肛瘘是无法通过药物治愈的，只有通过做手术的方式治疗。低位的肛瘘可以行肛瘘切开引流术，高位的克罗恩病肛瘘则需要采取肛瘘挂线术，手术后再静脉点滴抗生素抗感染治疗，可用头孢类或喹诺酮类的抗生素。
术后做好伤口的消毒和更换药物，促进引流通畅，并要注意伤口的愈合情况，避免出现假性愈合，随着时间的延长，伤口逐渐愈合后才可治愈肛瘘。