牙根囊肿的治疗主要是通过手术将囊肿切除，然后根尖切除或者拔掉病牙。
术前一定要及时进行牙齿的X光片检查，确认牙根囊肿的状态、大小、位置，以及涉及的范围。除了手术治疗之外，还要注意术后尽量不要吃过于刺激的食物，减少对局部病灶的刺激，更加有利于牙根状态的恢复，同时需要服用消炎药物，避免出现感染。
大多数患者术后的预后良好，完整地切除囊肿之后，患者需要保证充足的睡眠，避免熬夜，多喝水，促进体液循环，避免上火。