子宫内膜异位症有可能会引起巧克力囊肿，子宫内膜异位症是因为子宫内膜游离到了宫腔之外所引起，如果子宫内膜游离到了卵巢，这就形成了巧克力囊肿。
巧克力囊肿会因为月经周期的变化而发生改变，患者可以使用激素类的药物来治疗，如果巧克力囊肿比较严重，且影响到患者的身体健康，需要采用手术的方式治疗。
还有生育要求的女性，在治疗巧克力囊肿的时候需要考虑采用不会影响受孕的方式，手术治疗需要选择切除的范围，避免影响到日后的正常受孕。因此，对于巧克力囊肿的女性在治疗前应该做好全方面的分析，进行个体化的治疗。