骨髓增生异常综合征最常见的并发症是感染，患者主要有肺部的感染，贫血严重者有可能会并发贫血性心脏病，其次是出血，主要是见于皮肤粘膜以及内脏的出血，有关节疼痛，另外，有可能出现急性白血病。
骨髓增生异常综合征，有可能并发免疫系统疾病，对于这种情况，确切的病因不清楚，一般情况下有可能会并发皮肤性或者系统性的血管炎、风湿性骨关节炎、炎症性肠病、干燥综合症、风湿性等表现，还有可能合并骨髓增生低下，还有可能合并骨髓纤维化，这种情况比较罕见，所以，骨髓增生异常综合征的并发症，主要见于感染性疾病、出血性疾病。