颅脑磁共振检查是通过磁共振对脑部进行扫描，是医学影像学上常用的一种检查方法。比CT在某些方面要优秀，特别是对微观组织的显示更加精细。
目前磁共振被广泛的应用于医学检查，头颅磁共振能很好的将急性期脑梗死和陈旧性脑梗死区别开来，而CT无法将两种脑梗死病灶相区分。
另外，磁共振还可以做血管成像和CT血管成像相比，不需要打造影剂，是完全无创的检查而且价格更加便宜，相对其血管成像的清晰度比CT血管成像差。但是磁共振对于骨头是不能够显影的，对于骨折以及骨瘤钙化等这些疾病显示是不如头颅CT的。