早上起床肚子疼的原因如下：
1.如果早上起床肚子受冷空气的影响，会引起胃肠道痉挛，这时候会出现肚子绞痛的症状。
2.消化道溃疡。本病发病的时候会出现上腹部疼痛，有恶心、呕吐、反酸、嗳气等症状，疼痛有慢性、周期性的特点。
3.胰腺炎。本病发病的时候，也会出现早晨肚子疼痛的症状。发病后通过血尿淀粉酶、胰腺彩超等检查确诊。
4.胆囊炎。发病的时候会出现右上腹部疼痛，并伴有恶心、呕吐、黄疸等症状，发病后通过胆囊彩超检查确诊。