怀孕了两个月肚子疼可能是以下因素所导致：
1.在怀孕两个月时，子宫体积逐渐增大，可能会对周围的其他脏器会造成压迫，就会导致小腹疼痛，通常为隐痛，在卧床休息时，疼痛的症状可减轻。
2.由于怀孕后，体内激素水平变化比较明显，可能会对胃肠道功能造成影响，使胃肠道的消化与吸收功能出现异常，胃肠内存在食物时，不能及时消化掉，就会导致肚子疼，还伴有腹胀等症状。
3.如果肚子疼痛还存在阴道出血的情况，并且腹痛比较严重，可能是先兆流产或者是宫外孕。