埃可病毒、柯萨奇病毒均为肠道病毒，经呼吸道或口腔进入消化道，侵入肠道黏膜，在该处的上皮细胞及肠壁淋巴组织中滞留和增殖，在早期也可在咽部淋巴组织停留和增殖，时间较短。
病毒可从上述部位经淋巴及血液循环到达全身各器官，引起内脏器官病变。
小儿埃可及柯萨奇病毒感染要做的检查：血常规检查、脑脊液检查、病毒分离、血清学检查、分子生物学检查、X线、B超、心电图等辅助检查。用组织培养和动物接种分离病毒，如能从病人血液、脑脊液、心包液、疱疹液及组织中分离到病毒，则可作为确诊依据。