阴茎脱皮可以是因为不同的疾病所导致的，所以相对治疗方式也是不相同。
如果是因为包皮龟头炎等感染所导致的阴茎脱皮，需要进行抗感染治疗。局部可应用抗生素软膏，如红霉素软膏对症治疗，并保持个人的卫生。
部分患者清洗包皮或阴茎时，所用的清洗液有一定的腐蚀性，可以对皮肤造成损伤，久而久之就可以导致阴茎脱皮。此种情况一般不需要特殊治疗，患者可随时间延长而自愈。部分患者可因一些过敏原的出现，导致阴茎局部出现过敏性皮炎，从而出现阴茎脱皮，可以应用抗过敏药物对症治疗。