甲状腺肿瘤手术的风险还是相对较高的，因为甲状腺的解剖位置比较关键。
甲状腺位于气管的两侧，有部分病人做完甲状腺手术之后，会引起气管塌陷。然后，甲状腺上的血液供应非常丰富，如果手术中止血不彻底，术后有可能发生大出血，严重的可能会压迫气管，引起患者呼吸困难甚至死亡。甲状腺后方还有甲状旁腺，如果损伤到甲状旁腺，会引起长期的低钙血症。此外，甲状腺上方有喉上神经，损伤的话，会引起患者声音低沉、饮水呛咳。甲状腺下方有喉返神经，损伤的话会引起声音嘶哑、饮水呛咳，严重的还会出现呼吸困难。
另外，患者双侧甲状腺切除之后，要长期口服优甲乐替代甲状腺的功能。