肉芽肿性乳腺炎目前主要的治疗方法，还是手术治疗，药物治疗只是辅助作用。肉芽肿性乳腺炎，在早期肿块还未破溃时，及时采取切除或者是切除病灶区域，这种治疗肉芽肿性乳腺炎的效果，较为明显。
除此之外，也可以临时服用激素，等到肿块缩小后再进行手术。但是病情如果进展伴细菌感染，像棒状杆菌感染，就需要根据药敏试验，来选择合适的抗生素治疗。
抗生素治疗如果无效，则要考虑是否患有其他病原菌感染，像结核杆菌或者其它真菌，可以换成抗分枝杆菌三联，或者利奈唑胺等药物治疗。