男性生殖腺功能减退症发病原因有：下丘脑垂体肿瘤、炎症、创伤、手术、肉芽肿等，可以影响GnRH的产生、释放，垂体促性腺激素分泌不足，从而影响睾丸发育。
另外，促性腺激素分泌低下性性腺功能减退症，又称嗅觉缺失类无睾综合征。本征是先天性的疾病，病因可能是常染色体显性、隐性或x连锁遗传。
另外，就是单纯性的LH缺乏症病人，有类无睾证的特点，会伴有男性的乳房发育、血清LH和睾酮偏低。另外就是单纯性的fsh缺乏症，但比较少见；还有就是肌张力低下智力减低性发育低下肥胖综合症，可能为常染色体隐性遗传，病因未明。