单纯疱疹和疣在区别上还是很大，两种疾病虽然都是由于病毒感染引起，但是单纯疱疹主要是因为单纯疱疹一型病毒或单纯疱疹二型病毒而引发。而疣则是因为人类乳头瘤病毒感染之后而引发。
在临床症状上，单纯疱疹好发在皮肤与黏膜交接的部位，比如嘴唇、生殖器或肛门部位，以小水疱为主，可能会伴随着灼热和疼痛，水疱破裂之后会有液体渗出。
而疣则可以好发在全身任何部位，可以出现在头面、颈部、前胸、后背、手掌、脚掌、肛门、生殖器等部位。表现主要是突起于皮肤的赘生物，是一种实心的赘生物，并不会出现明显的水疱现象。