移植囊也存在胎停的可能性。尤其是移植囊本身存在染色体异常现象时，停止发育的几率就会比较高。
另外，移植囊进行移植的过程当中胚胎如果有损伤情况，也有可能会影响到胚胎的生长发育，出现胎停现象。甚至孕妇自身如果存在严重的感染，长期吸烟、喝酒、子宫腔畸形、内分泌异常、宫腔粘连情况等，也会影响到胚胎的生长发育出现胎停育情况，所以移植囊也存在胎停育的可能性。
在进行移植囊前需要女性进行身体的全面检查，不能接触有害物质，可以降低胚胎停止发育的几率。