脂肪瘤有可能会变成恶性肿瘤，但是概率非常低，多是由于脂肪瘤长年存在于身体内出现了脂肪瘤恶变情况。临床上患者往往有数十年的脂肪瘤病史，并且生长迅速，脂肪瘤增长过快。
临床应当将患者收入院，进行术前检查，进行充分的术前准备，再行手术治疗，术前应包括心肺功能检查以及糖尿病控制和凝血功能检查等。对于有恶变倾向的脂肪瘤，应当查看是否有其他部位转移等情况。
根据脂肪瘤的部位选择局麻或者全麻治疗，术中可以将肿物切除，送术中冰冻。如果为恶性肿瘤，应当行扩大切除等治疗。