肛周脓肿经常疼痛，可以通过手术治疗。如果患者是低位的脓肿，或是浅表性的肛周脓肿，可以将脓肿切开，然后进行引流治疗。如果患者是高位的肛周脓肿，在切开后需要置管，进行持续的负压冲洗治疗。
另外，很多肛周脓肿在切开治疗后，容易进入慢性期，也就是演变为肛瘘。在肛瘘成熟后，还要进行两次手术，再达到治愈的目的。
肛周脓肿如果不及时手术治疗，会导致持续疼痛。而且如果患者是高位的脓肿，毒素还容易进入到血液循环中，引起发热甚至是中毒性休克的症状。