小便的时候痛，可能有以下原因：
1.急性尿道炎或者膀胱炎，这是最常见的原因。炎症导致泌尿道黏膜出现水肿、破溃或者浅表溃疡等，这时就可以产生疼痛。尤其是排尿过程中，尿液刺激相关病变部位，疼痛就会加重。需要进行尿常规、尿培养化验检查，进一步确诊病原菌。
2.尿路结石。比如尿道结石导致尿路梗阻，还可以导致尿道黏膜破溃，这些都可以出现小便的时候疼痛，甚至会伴有排尿困难、排尿分叉，或者伴有急性尿潴留。必要时需要进行尿道镜检查、泌尿系统B超检查等，来进一步确定。
3.男性前列腺炎。也可以造成小便疼痛，还可能伴有尿道分泌物增多，会引起胀痛不适、尿不尽感、夜尿增多等一系列症状。需要进行前列腺液化验检查，来进一步确定。