腺病毒疫苗虽然比较安全，与其他疫苗一样，有少部分人注射后会出现一些副作用。其中最常见的就是发热、头痛、恶心、呕吐、腹泻和乏力等，也有少部分人接种部位会有红肿或者硬结的现象。
出现上述的不良反应也无需担心，通常比较轻微并且持续时间也不长。适当多喝些水，保持注射部位干燥，同时注意休息，并且饮食清淡一些即可。
与灭活疫苗不同，我国的腺病毒载体疫苗只需要接种一针，但是对机体的保护作用，两者并没有明显的区别。