熏艾条的较好时间段是上午。熏艾条的作用有温通经络、祛风散寒、活血化瘀。
中医讲究天人相应，上午为人的阳气生发的时间，在上午熏艾条可以达到生发阳气的作用，能让人体的阳气与自然的阳气产生互补，以增强艾灸的作用，从而达到最佳疗效。而下午或者晚上属于气血收敛的时间，一般不建议进行熏艾。但对于某些特殊的疾病，如失眠，则可选择在晚上进行熏艾。因此熏艾一定要根据患者的症候，在专业的医师指导下进行操作。
另外在进行熏艾操作的时候，房间门窗应该打开，让较为新鲜的空气进入房间，以迅速置换房间内的艾草气味，让人更为舒适。