甲状腺切除，最重要的影响就是甲状腺功能减退症，需要服用甲状腺激素来替代治疗。
甲状腺功能减退症可以表现为患者容易疲劳、怕冷、体重增加、记忆力减退、反应迟钝、嗜睡、表情淡漠、面色苍白、皮肤干燥、粗糙、声音嘶哑、味觉差、胃肠蠕动减弱、便秘、窦性心动过缓、心肌收缩力下降。重者可出现心力衰竭、心包积液。青少年甲减患者可出现青春期启动延迟。成年患者可出现生育力、性欲下降，妇女月经紊乱或月经量多等。
甲状腺切除也有可能会影响甲状旁腺，从而导致甲状旁腺功能的减退。