肝吸虫病的早期主要以驱虫的药物治疗为主，首选的驱虫药物为吡喹酮，驱虫的效果明显，可以快速杀死体内的华支睾吸虫，治疗期间要注意复查，防止病情复发。
肝吸虫病的患者还可以出现多种并发症比如可以并发胆囊炎、胆道感染，需要给予患者抗感染的药物治疗，有些患者肝硬化，导致患者发生营养不良，需要给予患者补充营养，要给予患者含有优质蛋白质、高维生素的食物，有些患者会发生贫血，需要根据贫血的类型给予对症治疗。
发生胆管梗阻的患者需要给予手术治疗。