窝沟有黑点的一般都是龋齿，但也有只是着色的情况。
窝沟由于本省发育生长情况的原因很容易发生龋坏，尤其是窝沟口小底深的类型，常规刷牙的方法无法到达窝沟底部，不能清洁，食物进入到窝沟后也不容易出去，聚集在我沟内引发细菌的感染发生龋齿。
但是随着咀嚼的磨耗，有时窝沟会敞开，这时龋齿可能由于环境和刷牙咀嚼等原因，转成静止龋的状态，不会继续向下发展，长时间维持窝沟有黑点的状态。
也有一些情况是经常吃一些黑色的食物，或者喝浓咖啡、酱油等，造成的窝沟部位的染色。