孕期如果合并有甲亢停药对胎儿是否有影响，主要看停药之后的甲状腺激素的水平。
如果是在孕期甲亢的指标已经逐渐的好转，停药以后，对胎儿没有影响。如果孕期甲亢并没有得到好转，仍然是属于甲状腺功能亢进的水平而自行停药，对胎儿是一定有影响。甲亢疾病对胎儿造成的影响，远远的大于抗甲亢药物丙基硫氧嘧啶对胎儿的影响。因为科学家研究发现，丙基硫氧嘧啶其实通过胎盘进入胎儿的数量是极其的少。所以相对来说丙基硫氧嘧啶，是一个比较安全的抗甲亢药物。
所以，当孕期甲亢并没有完全得到控制时，还是要给予抗甲亢药物的口服治疗。只有在医生的指导下使用抗甲亢药物才最安全，自己不能随意停药。