头颅CT的阳性率则可高达90%以上。不同病期的脑囊虫在CT上的表现差异很大，当囊虫寄生于脑实质时，典型的有以下4种表现：
1、小的钙化灶或肉芽肿，反映了死亡的囊虫。
2、圆形的低密度灶，造影后不被增强，反映了活的虫体。
3、低密度或等密度的病灶，造影后有环状强化，反映了囊虫导致的脑部炎症。
4、大脑弥漫性水肿，当虫体寄生于蛛网膜下腔时，CT上主要表现为脑脊液通路受阻引起的脑水肿，蛛网膜炎引起的大脑幕和脑底池异常增强以及多发性的脑梗死和脑桥池、交叉池、大脑侧裂等处的低密度灶。