甲硝唑溶液的主要作用，是治疗厌氧菌引起的感染，对梭形杆菌以及产气梭状芽孢杆菌，也有较好的灭杀效果。
药物中的硝基，可还原成细胞毒成分，作用于病菌的DNA代谢过程而促使细胞死亡。相关致病菌感染阴道，可利用该溶液对外阴部以及阴道冲洗，发挥局部抗厌氧菌效果，而达到治疗目的。
甲硝唑含漱液可用于口腔黏膜感染，由于是皮肤、口腔黏膜局部用药，可避免对胃肠道刺激，药物应用的安全性相对较高。特别提醒，甲硝唑溶液如果作为含漱液，可能会引起味觉改变，有金属味。不同的甲硝唑溶液给药方式可能存在差异，使用过程中要注意。