头颅骨缺损不修补是有副作用的，具体包括以下几个方面：
1.范围较小的颅骨缺损，如直径小于3cm者不修补多无明显的副作用。
2.对于缺损范围较大未予修补者，比较容易因头部再次受伤无颅骨保护而导致脑出血，甚至危及生命。
3.颅骨缺损若长期未行修补，脑组织会因为重力的作用以及体位的改变而发生脑组织的凹陷或者是膨出，长期如此会影响脑功能。
4.颅骨缺损长期未行修补会影响患者的容貌，并对心理产生压力，甚至可能导致抑郁症的发生。