肺泡蛋白沉积症患者可以进行支气管镜下肺泡灌洗治疗，在患者进行肺部灌洗时，可以使用加温的无菌性生理盐水进行肺泡灌洗，先进行一侧肺部的分段支气管镜下肺泡灌洗。
每一亚段或者每一段进行分次灌入加温的生理盐水，大约50~100ml左右，可以重复进行，反复对所有的肺组织灌洗，总量可能会达到2000~4000ml左右。
大多数患者会在第1轮灌洗时流出乳白色或者浑浊状的液体，随着灌洗次数增加灌洗液也逐渐变得清澈，在操作结束以后要进行引流或者析出在肺泡内残留的生理盐水。