呼吸暂停综合征的危害有很多，比如对心血管系统会造成破坏。长期出现呼吸暂停综合征，患者的血压会升高，并且心率也会增快，容易出现心肌缺血、缺氧以及出现心绞痛、心肌梗死等症状，严重情况下还有可能猝死。
另外，呼吸暂停综合征对于患者的神经系统也会有破坏，容易引起脑梗塞，患者会出现癫痫或者语言功能障碍，记忆力也会降低。
呼吸暂停综合征对于肾脏也有一定的危害，患者的尿量会增多。呼吸暂停综合征还会破坏血液系统，增加血液粘稠度增加。出现呼吸暂停综合征一定要及时治疗。