小儿消化不良需要与很多消化道疾病性鉴别，包括胃肠功能紊乱、急性胃肠炎等。
小儿消化不良主要的表现就是会出现食欲下降、腹痛、腹胀、腹泻，这些症状表现都是非特异性，因为在很多其他胃肠道疾病的情况下，也会出现这些症状表现，所以需要仔细鉴别。
小儿消化不良的过程，主要是因为进食以后产生的这些症状或者是伴有轻微的腹泻表现，化验大便常规，属于不消化的大便。而急性胃肠炎在这些症状基础之上，化验便常规是有白细胞炎症的表现。
胃肠功能紊乱没有食物因素的影响，而消化不良主要与食物的结构、饮食方式有一定的相关性。调整饮食结构和饮食量以后，消化不良可能就会好转。