如果分期比较早的肛管癌并不一定要切除肛门，可以行局部切除。
在临床上局部切除适用于早期的肛管癌，癌肿直径小于两公分，并且位于齿状线以下，尚未浸润齿状线、肿块活动度良好、未侵犯肛门括约肌、局部肿块活检病理提示肿瘤细胞的恶性程度比较低。
手术切除的范围至少要包括肿瘤边界二点五厘米和一部分肛门周围肌肉，但要注意保留患者肛门括约功能。另外，局部切除也适用于放化疗后残留或者复发的局限肿瘤病灶。